Kudou Shinichi adalah seorang detektif remaja yang terkenal. Ia selalu berhasil membongkar suatu kasus kriminal dan membantu Kepolisian Jepang menangkap pelakunya. Suatu hari, ketika Shinichi dan Ran berada di taman bermain, Shinichi melihat orang-orang yang mencurigakan. Dengan naluri detektifnya Shinichi pun mengikuti orang-orang yang berjubah hitam tersebut. Saat Shinichi melihat transaksi yang dilakukan salah satu orang yang berjubah hitam, Shinichi dipukul dari belakang sampai tidak sadarkan diri. Dan Shinichi pun dijadikan sebagai bahan percobaan sebuah obat baru yang akan digunakan sebagai senjata pembunuh.

Ternyata obat tersebut tidak membunuh Shinichi melainkan membuat tubuhnya menciut menjadi seorang anak kecil. Shinichi kemudian pergi ke rumah Prof. Agasa yang merupakan teman baiknya kemudian menjelaskan apa yang terjadi. Prof. Agasa mengerti dan ia memberi Shinichi berbagai peralatan buatannya untuk membantu Shinichi dalam usahanya mencari para pelaku dan sekaligus mencari penawarnya.

Sementara itu, khawatir bahwa orang-orang di sekitarnya akan terancam bahaya apabila para pria berjubah hitam itu mengetahui bahwa dirinya belum mati, Shinichi mengubah namanya menjadi Edogawa Conan dan Prof. Agasa menitipkannya di rumah Kogoro Mouri, detektif konyol, ayah dari Ran teman dekat Shinichi. Sejak itu Shinichi/Conan selalu berusaha membongkar setiap kasus dengan cara menggunakan jarum bius yang ia tembakkan ke Mouri dan berbicara dengan mikrofon pengubah suara sehingga seolah-olah yang membongkar kasus tersebut adalah si detektif konyol.